Yazar "Ekici, Seda" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Farklı Salmonella Typhimurium kökenlerinin taşıdıkları patojenite adası ve direnç genlerinin in silico analizi
    (Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü, 2021) Ünlü, Özge; Demirci, Mehmet; Yığın, Akin; Ekici, Seda
    Salmonella Typhimurium, dünyada en sık izole edilen Salmonella serotiplerinden birisidir. Tüm genom analizi gibi yeni moleküler yöntemlerin gelişmesi ile, antibiyotik direnci ve farklı genlerin karşılaştırmalı analizleri daha kolay yapılabilmektedir. Çalışmamızda farklı S. Typhimurium kökenlerine ait genomik verilerin, taşıdıkları patojenite adaları, MLST, seqserotipleri ve direnç genleri açısından karşılaştırmalı in silico analizini gerçekleştirmeyi amaçladık. Çalışmamıza genomik verileri NCBI’da yer alan 15 farklı S. Typhimurium kökenini dahil edildi. Kökenlerin birbirleri ile evrimsel olarak yakınlıkları CSI filogeni ile antimikrobiyal direnç belirteçlerinin varlığı ise ResFinder yazılımı ile gerçekleştirildi. Salmonella kökenlerine ait patojenite adaları, MLST ve serotip tespiti için sırasıyla SPIFinder, MLST ve SeqSero yazılımları kullanıldı. Çalışmamıza dahil edilen 15 S. Typhimurium kökeninin birbirlerine %97 ve üstünde genomik benzerlik gösterdikleri tespit edildi. MLST analizlerine göre 9 köken (%60) ST19 olarak bulundu. Tüm kökenlerin SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-4, SPI-5, SPI-9, SPI-12, SPI-13, SPI-14 patojenite adalarını taşıdıkları gözlenirken, SGI1 patojenite adası sadece 3 kökende tespit edildi. Aminoglikozid direnci ile ilişkili aac(6')-Iaa geni tüm kökenlerde saptandı. Yeni nesil dizileme tekniklerinin gelişimi, S. Typhimurium gibi önemli enfeksiyon etkenlerine ait yeni moleküler epidemiyolojik veriler elde edilmesini sağlamaktadır. Bu verilerin karşılaştırmalı in silico analizleri ile enfeksiyonlarda kullandıkları virülans genlerinin analizleri ve moleküler patogenez mekanizmalarının aydınlatılması sağlanabilecektir.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Salmonella spp. tespiti için ilmiğe dayalı izotermal amplifikasyon (LAMP) ile kombine üç boyutlu (3B) yazıcıda mikroakışkan çip imalatı
    (2022) Bilgic, Vildan; Demirci, Mehmet; Ekici, Seda; Yiğin, Akın; Eryıldız, Meltem
    Gıda ve çevresel kaynaklarda Salmonella'nın hızlı, güvenilir ve hassas tespiti, halk sağlığını korumak için çok önemlidir. LAMP yöntemi özel cihazlara ve deneyimli personele ihtiyaç duymaksızın uygulanabilecek bir yöntem olduğu için son yıllarda sıklıkla tercih edilmektedir. LAMP’ın, mikroakışkan cihazlarla kombine edilmesi sınırlı kaynakların olduğu durumlarda, hızlı tanı testleri için bir alternatifdir. Salmonella spp. tespiti için, üç boyutlu yazıcıda biyouyumlu PLA filament kullanılarak mikroakışkan çip oluşturularak, ilmiğe dayalı izotermal amplifikasyon yöntemi ile kombine edilmesi amaçlanmıştır. Mikroakışkan çipler CATIA V5 programı kullanılarak tasarlandı (Çip boyutları 15x12.5x2.4 mm, kanal çapı 850 µm) ve PLA filament kullanılarak 3B yazıcıda üretildi. Salmonella spesifik LAMP reaksiyonları için InvA geni seçildi. Mikroakışkan çipler için kuru ısı bloğu kullanıldı ve LAMP protokolü 65?’da 30 dak.’ydı. Testin duyarlılık, özgüllük, PPD ve NPD ölçümleri gerçekleştirildi. Kültür yöntemi ile Salmonella pozitif saptanan 25 pozitif numune arasında, mikrosantrifüj tüpünde uygulanan LAMP reaksiyonu ile sadece bir numunede yalancı negatif sonuc saptanmışken, mikroakışkan çip üstünde uygulanan LAMP reaksiyonunda ise iki numune yalancı negatif olarak tespit edildi. Sonuç olarak; verilerimiz LAMP reaksiyonları ile mikroakışkan çip teknolojisinin birleştirilebileceğini, üç boyutlu yazıcıların bu mikroakışkan çiplerin üretimi sırasında kullanılabileceğini bize göstermiştir.