Yazar "Toprak, Sezer" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Diagnostic performance of the RT-qPCR method targeting 85B mRNA in the diagnosis of pulmonary Mycobacterium tuberculosis infection
    (Elsevier Science London, 2018) Demirci, Mehmet; Saribas, Suat; Ozer, Nigar; Toprak, Sezer; Caglar, Emel; Ortakoylu, Gonenc; Yuksel, Pelin
    Background: Several nucleic acid amplification techniques (IS6110, 16S rRNA, and 85B mRNA) were developed for the rapid, direct detection of Mycobacterium tuberculosis. We aimed to assess the diagnostic performance of 85B mRNA-based RT-qPCR by comparing with the real-time PCR COBAS TagMan MTB Kit while using the BACTEC MGIT 960 method as the gold standard. Methods: 60 patients with confirmed pulmonary TB and 60 individuals without TB were included as the study and control groups, respectively. Sputum specimens were cultured using LJ and BACTEC MGIT 960 systems. Extracted DNA was used for COBAS PCR in a CONAS TagMan 48 analyzer. 85B mRNA detection was performed by RT-qPCR. Results: The sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and accuracy of COBAS TagMan MTB Test were detected as 93.3%, 83.3%, 84.8%, 92.6%, and 88.3%, respectively. The same diagnostic parameters of RT-qPCR were: 98.3%, 95.0%, 95.2%, 98.3%, and 96.7%, respectively. According to the binary logistic regression analysis, RT-qPCR (OR: 19,924, p < 0.001) was identified as the more optimal test. Conclusion: RT-qPCR targeting the 85B gene of M. tuberculosis seems to be a more useful and rapid technique than DNA-based methods for detecting live M. tuberculosis bacilli from sputum specimens. (C) 2018 The Authors. Published by Elsevier Limited on behalf of King Saud Bin Abdulaziz University for Health Sciences.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Menenjit Tanısı Almış Hastalarda, Bakteriyel Menenjit Etkenlerinin Kültür ve PZR ile Belirlenmesi
    (Logos Tıp Yayıncılığı, 2019) Demirci, Mehmet; Toprak, Sezer; Can, Kübra; Çalışkan, Reyhan; Şengöz, Gönül; Habip, Zafer; Tokuç, Edip; Taner, Zeynep; Torun, Müzeyyen Mamal; Kocazeybek, Bekir Sami; Tokman, Hrisi Bahar
    Amaç: Çalışmamızda, fakültemizde, menenjit tanısı almış erişkin hastalar arasında hastane kökenli ve toplum kökenli bakteriyel menenjit olgularının belirlenmesi ve bu olgularda Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Grup B Streptokok ve Listeria monocytogenes’in saptanmasında multipleks PZR’nin kültüre göre avantajlı olup olmadığının gösterilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamız, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi’ne Şubat 2012- Haziran 2013 tarihleri arasında başvuran ve menenjit ön tanısı alan 100 erişkin hastanın beyin omurilik sıvısı (BOS) örneği ile gerçekleştirilmiştir. Örnekler 2 tüpe alınmıştır. Birinci tüpteki BOS örneğinin önce makroskobik incelemesi yapılmış, daha sonra, hücre sayımı, Gram boyama, direkt antijen tayini ve besiyerlerine ekim işlemi gerçekleştirilmiştir. İkinci tüpteki örnek ise, kan kültürü şişesine (BD Bactec FX) ekilerek 37°C’de inkübe edilmiştir. Üreyen bakteriler, standart klinik mikrobiyoloji yöntemleri kullanılarak tanımlanmış ve gereği halinde APİ (BioMérieux, Fransa) kitleri ile ileri tanımlamaya gidilmiştir. Moleküler testlerle bakteri izolasyonu için Seeplex Meningitidis-B Ace Detection kiti (Seegene Inc., Kore) kullanılmıştır. BOS örneklerinde mL’de 200’den fazla lökosit görülmesi ve PNL hakimiyeti menenjit tanısını desteklemiştir. Bulgular: BOS örneklerinden berrak olan 66 örneğin 8’inde (%12.1), ksantokromik olan 12 örneğin 4’ünde (%30) ve bulanık olan 22 örneğin 9’unda (%40.9) bakteri saptanmıştır. Çalışma grubumuzdaki hastane kaynaklı erişkin menenjitli hastaların BOS örneklerinde Gram pozitif bakterilerden en sık metisilin dirençli koagülaz negatif stafilokokların (n=6, %30), Gram negatif bakterilerden ise Klebsiella spp.nin (n=4, %20) ürediği belirlenmiştir. Toplum kaynaklı menenjit tanısı alan 1 olguda ise multipleks PZR ile S. pneumoniae saptanmıştır. Sonuç: Giderek azalan toplum kökenli menenjitlerde etken mikroorganizmanın tespiti için yapılan çalışmaların bugün artık yalnızca kültür yöntemine dayandırılmaması gerektiği, PZR yönteminin bu alanda sağladığı avantajlardan yararlanılması gerektiği düşüncesindeyiz.